O filme começa com a chegada de Ash, Dawn e Brock na cidade de Álamos, onde Dawn pretende participar de mais um Concurso Pokémon. Logo na chegada, nossos viajantes já sentem um vento estranho, acreditando ser apenas um evento comum. O problema é que a ventania foi provocada pela luta dos titãs do tempo e espaço, Dialga e Palkai respectivamente, em uma outra dimensão. A luta intensa entre os dois causou sérios danos a Palkia, que foge para a nossa dimensão, mais especificadamente na cidade Álamos.
Enquanto isso, Ash e cia. conhecem Alice, que ficará como guia deles pela cidade. Depois de um belo passeio, eles chegam a um jardim totalmente destorcido e lá encontram Tônio, um pesquisador local que está investigando essas anomalias recentes na cidade. De repende, aparece o Barão Alberto que afirma que o culpado por tudo aquilo é o Pokémon sombrio Darkrai, mas mal sabe ele que Darkrai é o menor dos problemas da cidade, pois Dialga e Palkia em breve terminarão sua batalha e a arena será justamente a cidade Álamos!
Com essa história envolvente e perigosa, o filme recebeu muitas boas críticas no Japão e é considerado como o melhor ou um dos melhores pelos Poké-fãs de todo o mundo.